La gestión de los Fondos Estructurales se articula a través de los Programas Operativos, en el caso del Objetivo 1, y los Documentos Únicos de Programación, en el caso del Objetivo 2. Cada programa se compone de ejes prioritarios y de medidas. El conjunto de estos elementos diseña una estrategia de desarrollo, la cual deberá ser aplicada durante toda la duración del programa. Los proyectos que aspiren al financiamiento por parte del programa deberán inscribirse dentro de dicha estrategia. El complemento de programación contiene la descripción detallada de las medidas anunciadas en el programa. Cada medida dispone de una cobertura financiera precisa a la que los administradores de los programas recurrirán para financiar proyectos individuales.